科學(xué)院上海應(yīng)用物理研究所籌建于1958年10月，1959年8月正式成立，時(shí)稱科學(xué)院上海原子核研究所，2003年6月經(jīng)批準(zhǔn)定為現(xiàn)名。科學(xué)院上海應(yīng)用物理研究所以光子科學(xué)、核科學(xué)技術(shù)及相關(guān)交叉學(xué)科研究為主，同時(shí)推進(jìn)科研成果產(chǎn)業(yè)化。

截至2014年底，科學(xué)院上海應(yīng)用物理研究所有兩大園區(qū)，分別坐落于上海市科技衛(wèi)星城嘉定區(qū)和浦東張江高科技園區(qū)，占地面積共約700畝；研究所共有在職職工1162人，其中科技人員1005人；有科學(xué)中心1個(gè)，科學(xué)院重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（中心或研究院）4個(gè)，上海市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室1個(gè)；共有在學(xué)研究生402人，其中碩士生195人，博士生207人。